糸状菌や放線菌の出現は，それらが増殖するための栄養が，活性汚泥や生物膜中に残っているために起こると考えられます。
源帰の使用により，それらの栄養（即ち未分解BOD成分）の分解が促進されて，糸状菌や放線菌が増殖しにくくなくなるからと考えられます。